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大阪工業大学 情報科学部 情報システム学科　宇宙物理・数理科学研究室（真貝）

計算機環境

2012/5/17　updated

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• 計算機環境について
• このマシンにだけこのソフト
• 個人で行うべき設定
• Linuxの環境設定について

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計算機環境

固定IPアドレス，DHCPアドレス各31台分の他，ゼミ室周辺10mに無線LANを張っています．無線LAN名はAstrophysicsGroupです． パスワードはグループの誰かに聞いてください．

機種	スペック	マシン名	IP末尾	OS	用途	設置場所	購入年度	備考
AirMac Base Station		AstrophysicsGroup	31	AirMac	無線LAN	1513室A	2008
I-O Data, NAS	3TB	BlackHole	22		データ共有	1513室A	2010
機種	スペック	マシン名	IP末尾	OS	用途	設置場所	購入年度	備考
プリンタ Epson LP500A		-	5	-	教員用	513室	2006
プリンタ Canon LBP3410		-	6	ドライバ Win/Mac	研究室共用	1513室B	2006	1枚3.7円
プリンタ Epson PM-T960		-	7	ドライバ Win/Mac	研究室共用	1513室B	2008	1枚20.1円
プリンタ Oki C531dn		-	8	ドライバ Win/Mac	研究室共用	1513室B	2012	C12.2円，M3.0円
機種	スペック	マシン名	IP末尾	OS	用途	設置場所	購入年度	備考
PC, 特注	Core i7 3.33GHz, 24GB	Landau	2	CentOS	研究専用24	1513室A	2010
PC, 特注	Core i7 3.33GHz, 24GB	Lifshitz	3	CentOS	研究専用24	1513室A	2010
PC, Bakusoku-D/P45	Core 2Quad 3GHz, 8GB	Einstein	21	CentOS	研究専用24	1513室A	2009
PC, FMV-W5240	Pentium 3GHz, 3GB	Tycho	19	TurboLinux Fuji	研究専用24	1513室A	2007
PC, FMV-W5240	Pentium 3GHz, 3GB	Kepler	20	TurboLinux Fuji/WindowsXP	学生共用24	1513室A	2007
機種	スペック	マシン名	IP末尾	OS	用途	設置場所	購入年度	備考
PC, ESPRIMO D551/D	Core i3 3.3GHz, 4GB	Eddington	10	Win7/Linux	3年用+研究用	笠木	2012
PC, ESPRIMO D551/D	Core i3 3.3GHz, 4GB	Friedman	11	Win7/Linux	3年用+研究用	川船	2012
PC, ESPRIMO D551/D	Core i3 3.3GHz, 4GB	Lemaitre	12	Win7/Linux	3年用+研究用	林	2012
PC, ESPRIMO D551/D	Core i3 3.3GHz, 4GB	Robertson	13	Win7/Linux	3年用+研究用	森本	2012
PC, ESPRIMO D551/D	Core i3 3.3GHz, 4GB	Walker	14	Win7/Linux	3年用+研究用	高原	2012
PC, Lifebook A561/C	2GB		DHCP	Win7	研究室共用	外山	2011
PC, ESPRIMO D550/B	Core2 D 2.93GHz, 2GB	Wheeler	30	Win7	研究室共用	1513室A	2011
PC, ESPRIMO D550/B	Core2 D 2.93GHz, 2GB	Schwarzschild	DHCP	Win7/Linux	学生個人用	大串	2011
PC, ESPRIMO D550/B	Core2 D 2.93GHz, 2GB	Curie	DHCP	Win7/Linux	学生個人用	李	2011
PC, FMV-D5290	Pentium 2.6GHz, 2GB	Yukawa	24	Win7 / Vine	学生個人用	中野	2010
PC, FMV-D5290	Pentium 2.6GHz, 2GB	Tomonaga	25	Win7 / Vine	学生個人用	上田	2010
PC, FMV-D5290	Pentium 2.6GHz, 2GB	Nambu	26	Win7 / Vine	学生個人用	小寺	2010
PC, FMV-D5290	Pentium 2.6GHz, 2GB	Hayashi	27	Win7 / Vine	学生個人用	藤井	2010
PC, FMV-D5280	Pentium 2.5GHz, 2GB	Bohr	DHCP	WinVista	学生個人用	葭矢	2009
PC, FMV-D5280	Pentium 2.5GHz, 2GB	Planck	DHCP		学生個人用	藤原	2009
PC, FMV-C8250	2GB		DHCP		学生個人用	山田	2008
PC, FMV-D5220		Euler	DHCP		学生個人用	井原	2006
PC, FMV-D5220		Hamilton	DHCP		学生個人用	3年	2006
PC, FMV-D5220		Newton	23	WinXP, Mathematica	学生共用		2006
PC, FMV-C5200		Leibnitz	DHCP	要インストール	学生個人用	3年	(2005/移籍)
PC, FMV-C5200		null	4	TurboLinux Fuji, httpd	学生共用24		2005
PC, FMV-C5200		Hubble	DHCP		学生個人用		2005
機種	スペック	マシン名	IP末尾	OS	用途	設置場所	購入年度	備考
Apple, iMac		-	4	MacOS 10.7	教員用	513室	2011
Apple, MacBookPro		-	DHCP	MacOS 10.6	教員用	513室	2009
Apple, MacMini Intel		Riemann	DHCP	MacOS 10.5 -> 10.6	学生共用	1513室A	2008
Apple, MacMini Intel		Wheeler	DHCP	MacOS 10.4	学生共用	1513室B	2007
PC, FMV-D5220		Lagrange	DHCP		教員用	513室	2006
PC		gmunu	2++local	TurboLinux 10		513室	2002
PC		kmunu	2++local	TurboLinux 10		513室	2002
PC		rmunu	2++local	TurboLinux 10		513室	2002
機種	スペック	マシン名	IP末尾	OS	用途	設置場所	購入年度	備考
PC, FMV-7000TX		gravity1-8	xx			廃棄	移籍	2010年度廃棄
PC, FMV-C600		Copernicus	xx			廃棄	2003/移籍	2010年度廃棄
PC, FMV-C610		Galilei	xx			廃棄	2004	2010年度廃棄
PC, FMV-C5200		Fermat	xx			IC科	2005/移管	IC科に移管
PC, FMV-C5200		Eddington	xx			IC科	2005	IC科に移管
PC, FMV-C5200		Friedman	xx			IC科	2005	IC科に移管
PC, FMV-C5200		Penrose	xx			IC科	2005	IC科に移管
PC, FMV-S8205		-	xx			513室	2005	2010年度廃棄

• IPアドレスは，webでは公開しない．研究室にて確かめること．
• 学生共用としたマシン(Linux)にはすべて，情報ゼミ生・卒業研究生のアカウントが設定されています．
  Windowsの場合，特に個人のアカウントは設定していません．
• 学生個人用としたマシンは，卒研生/情報ゼミ生が個人のマシンとして1台づつ管理しているマシンです．
• Linux機は，他の人がバックグラウンドで計算を流している場合があるので，自分で起動させた時以外は，むやみにシャットダウンしないでください．（「セッション終了」でログオフのみ）

• 今後，順次，Linux起動可能なマシンを整備し，Linuxを中心的なOSとしたい．（本当は，Macintoshにしたい）
• すべてのWindowsマシンには，Officeソフトウェア，秀丸，platex環境, Firefox がインストールされている．
• 一部のWindowsマシンにはMathematica 4.2 がインストールされている．
• TurboLinuxマシンのインストールと設定方法についての真貝の覚え書きはここ．

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このマシンにだけこのソフト

ライセンスの関係で，以下のものは，以下のマシンにのみインストールしてある．

ソフトウェア	マシン名	備考
Acrobat 7.0 Standard Windows版	Newton
Acrobat 7.0 Standard Windows版	Kepler
AVS/Express 7.2	Tycho	KGT社　サポートページ 利用するには，.tchrcファイルの環境設定が必要です． 起動コマンドは，express -viz　または express
Macromedia Flash 8	Newton
Mathematica 6.0J Windows版	Kepler
Mathematica 6.0 Linux版	Tycho	日本語だとエラーがでるので英語モードにしてあります． 起動コマンドは，mathematica　または　math

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個人で行うべき設定

マシンが決定したら，次の設定をしてください．

• マシンに付属しているCDで，ハードディスクを初期化し，OSを入れ直す．WindowsとLinuxの２ブートマシンにするなら， Windowsを先にインストールする．
• Windowsのインストール
  • rootアカウントは，いざというとき，研究室の他の人が入れるように，共通パスワードを設定．
  • インターネット環境が使えるように設定する．DHCP接続．プロキシは自動検出．
  • OSのアップデートを行う．
  • 研究室内LANで，共通マシンのフォルダが見られるように設定．AstroPhysがネットワーク名．
  • プリンタが使えるように，ドライバを設定する．
  • 研究室にMS OfficeのCD romがありますので，使ってください．
  • latexや秀丸もインストールした方が便利でしょう．
• Linuxのインストール
  • rootアカウントは，いざというとき，研究室の他の人が入れるように，共通パスワードを設定．
  • インターネット環境が使えるように設定する．DHCP接続．プロキシは自動検出．
  • OSのアップデートを行う．
  • プリンタが使えるように，ドライバを設定する．
  • gnuplotもインストールした方が便利でしょう．
  • 必要に応じて，Intel C++/ Intel Fortranもインストールしてください．大学での利用（非商用）ならば無料です．（下記参照）

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Linuxの環境設定

• 共通マシンにはじめてloginした時
  1. パスワードを初期設定から変える．ターミナル画面を出して，

     passwd

     をする．
  2. webブラウザを使うときは，大学のproxy serverを設定しないと外部のページが表示されないので注意．
  3. メールのダウンロードの設定では，ダウンロード時に，元のサーバーのメールを消去しないようにしておくと良い．

• shellの変更
  デフォルトでは，tcshにしてある．違うshellにしたければ，

  chsh
  

  でどうぞ．

• 環境設定ファイルの基本
  tcshシェルは，ターミナル起動時に，.tcshrcファイルを読み込むので，そこに環境設定や，良く使う省略形のコマンドを 書き込んでおくのが良い．ただし，マシンによってファイルをいちいち作るのが面倒なので， 自分で良く使う省略形のコマンドは，別のファイルにまとめておき，.tcshrcより読み込めば良い．

  例えば，「ls」コマンドをいつも「ls -p」として使ったり，「ls -lt」をいつも「lt」に短縮してタイプしたいときなどは，

  alias ls      'ls -p'
  alias l       'ls -lFlags'
  alias lt      'ls -lt'
  alias ltm     'ls -lt | more'
  

  という内容のファイルをつくり（例えば，.aliases と名付けて保存），.tcshrc ファイルの最後に

  source ~/.aliases
  

  と書き込んでおけばよい．

• ソフトウェアのインストール
  Linuxに関しては，必要と思われるソフトウェアは各自でインストールしてもらって構わない．特に卒業研究用の個人マシンについては， すべての管理を個人任せにするので，rootアカウントを駆使してソフトウェアのインストールを試してもらいたい．
  • よく必要となるのは，C/Fortranのコンパイラである．Turbolinuxではgccがデフォルトで入るが，パフォーマンスを上げたいのであれば， Intel社が配布しているコンパイラをインストールするのがよい．大学などの非商用ユースであれば無償である． non commercial use ここへ進み，必要な手続きをすればよい．
  • 計算したデータをグラフにしたいときに便利なのが，gnuplotである． 最近は日本語マニュアルも充実してきた．
  • おおまかなインストールの流れは，
    1. ダウンロードしたものを解凍・展開する．
    2. READMEファイルを読む．
    3. たいていの場合，

       ./configure

       することでMakefileが生成される．
    4. たいていの場合，

       make install

       することでインストールが実行される．
• Intel C/Fortranコンパイラを使うために (マシンkepler以外のTurbolinux)
  Intelコンパイラを使うときは，自分の環境で実行ファイル（icc/ifort）が 登録されるように，次のように .tcshrc ファイルに書いておくと良い．

  # intel compilers
  source /opt/intel/fc/9.1.039/bin/ifortvars.csh
  source /opt/intel/idb/9.1.039/bin/idbvars.csh
  source /opt/intel/cc/9.1.044/bin/iccvars.csh
  

  9.1.xxxの番号は，versionを表し，機種によって異なる場合があるので，書き直す前に

  ls /opt/intel/cc/
  

  などとして，一番新しいversionを確かめてからがよい．

• Intel C/Fortranコンパイラを使うために (マシンkeplerのみ)
  Intelコンパイラを使うときは，自分の環境で実行ファイル（icc/ifort）が 登録されるように，次のように .tcshrc ファイルに書いておくと良い．

  # intel compilers
  source /opt/intel/Compiler/11.0/083/bin/ia32/ifortvars_ia32.csh
  source /opt/intel/Compiler/11.0/083/bin/ia32/iccvars_ia32.csh
  

  11.0/083の番号は，versionを表し，version up等によって異なる場合があるので，書き直す前に

  ls /opt/intel/Compiler/11.0/
  

  などとして，インストールされているversionを確かめてからがよい．

• Intel C/Fortranコンパイラを使うために (マシンEinsteinのみ)
  Intelコンパイラを使うときは，自分の環境で実行ファイル（icc/ifort）が 登録されるように，次のように .tcshrc ファイルに書いておくと良い．

  # intel compilers
  source /opt/intel/Compiler/11.0/083/bin/intel64/ifortvars_intel64.csh
  source /opt/intel/Compiler/11.0/083/bin/intel64/iccvars_intel64.csh
  

  11.0/083の番号は，versionを表し，version up等によって異なる場合があるので，書き直す前に

  ls /opt/intel/Compiler/11.0/
  

  などとして，インストールされているversionを確かめてからがよい．

• AVS/Express を使うために
  以下のものを .tcshrc ファイルに書き込んでおく必要があります．ただし，xxx.xxx.xxx.19　の所は，正しいIPアドレスに 直して下さい．

  # -----------------------------------------  AVS/Express 200802 --->>>>
  setenv XP_FEATURE EXPRESS
  setenv XP_LICENSE_SERVER xxx.xxx.xxx.19:33333
  setenv MACHINE linux
  #setenv LD_LIBRARY_PATH /usr/local/express/lib/linux
  setenv LD_LIBRARY_PATH /usr/local/express/lib/linux:/usr/local/express/lib/linux/missing/
  #setenv LD_LIBRARY_PATH "/usr/local/express/lib/linux:/usr/local/express/lib/linux/missing/:$LD_LIBRARY_PATH"
  setenv PATH /usr/local/express/bin/linux:$PATH
  setenv XP_LANG C 
  setenv LANG C
  

• sshでマシンにアクセス
  1. ターミナル画面から，

     ssh myname@machine_name

     とすれば，machine_nameのLinuxマシンに，mynameのアカウントでログインできる．（当然パスワードが必要）
  2. 研究室内のマシン同士であれば，/etc/hostsにマシン名が登録されているので，null や lagrangeなど，愛称をつけて，

     ssh myname@null

     などで，この操作が可能である．
  3. 自宅から研究室のマシンにアクセスするときは，情報センターのVPNサービスを用いて接続した後に，自宅のマシンから，

     ssh myname@xxx.xxx.xxx.xxx

     とIPアドレスを指定すればよい．

• sftpでファイル転送
  ファイルを転送するときは，sftpを使える．

  sftp myname@machine_name

  としてログインした後に，cd　や　lcd　で相手先や自分のディレクトリを指定した後　get filename　とか　put　filename　など．

• プリンタ設定
  デフォルトで，Canon LBP3410を設定．設定されていないようなら，真貝まで．

  ここから「LIPS4 Printer Driver for Linux Version 1.50」を 選び，rpmパッケージの「CUPSドライバ共通モジュール インストールパッケージ(32bit)」を選択してダウンロード．rpmパッケージをインストールし，コントロールセンターで，プリンタを新規登録．その際，プリンタ名には空白を入れない．LIPS IVをドライバとして選択．

• とりあえず動画
  計算結果で出力される数値ファイルを動画で見たいとき，プレゼンテーションにするならば，何らかのソフトウェアを使って 動画を生成することになるが，とりあえず安価で軽く済ませたいとき，次の方法がある．
  • xgraphを使う
    もはや開発が中止されているxgraphであるが，出力ファイルを以下のように時間ごとの(x,y)データにしておくことで， 自動で動画になるので，便利である．
    

     "time =    0.000E+00
      -0.141986E+00  -0.102413E+00
      -0.133440E+00  -0.367329E+00
       0.461066E-01  -0.553310E-01
       0.647419E-01   0.776665E-02
       0.133505E+01  -0.270139E+00
     
     "time =    0.200E+00
       0.240687E+00  -0.210997E+00
      -0.247347E+00   0.320514E+00
      -0.152906E+00  -0.176266E+00
      -0.211736E+00  -0.199768E+00
       0.111802E+01  -0.259700E+00
    

  • gnuplotを使って，gifムービーを作る．
  これは，時間ごとのスナップショットファイルを生成しておき，それをgnuplotでpng形式に変換し，さらにまとめてgifに変換する方法である． 例えば，time=00.00，time00.20, ....　という名前のファイルでデータを生成し，それぞれでgnuplotで加工してpngファイルを作る． gnuplotでは，

  set terminal png
  set output "fig00.00.png" 
  plot[-6:6][-6:6]"time=00.00" with  points pt 20
  set output "fig00.20.png" 
  plot[-6:6][-6:6]"time=00.20" with  points pt 20
  

  とすると，fig00.00.png, fig00.20.png という図が保存されてゆく．ファイル名は時間順になるように工夫しておくと良い． あらかじめコマンドを書いたファイル gnuplot_load.txt を用意して，gnuplotで，

  load "gnuplot_load.tx"
  

  としても良い． pngファイルをまとめてgifにするには，

  convert -loop 0 -delay 10 fig*.png test01_xy.gif
  

  -loop 0 は無限繰り返し，-delay 10 は0.10 秒間隔でのコマ送りになる．

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